A través de un proyecto financiado por el Fondo de Desarrollo Institucional de Museos (FODIM) el Museo de Historia Natural de Valparaíso está implementando un programa de documentación y conservación de las colecciones de ciencias naturales y arqueología y mejoramiento de sus depósitos.
Con más de cien años de historia, el Museo de Historia Natural de Valparaíso es uno de los tres museos estatales de historia natural existentes en el país. Creado por don Eduardo de la Barra en 1878, es el segundo museo más antiguo de de Chile, con una fuerte tradición en la protección, investigación y difusión del patrimonio natural y cultural de Chile.
A raíz del terremoto y posterior incendio de agosto de 1906, el museo perdió su sede y gran parte de sus colecciones. Su director John Juger emprende la misión de reconstruir el museo, reuniendo nuevas colecciones en las áreas de las ciencias naturales, arqueológicas y antropológicas. Dentro de estas nuevas incorporaciones destacan: una colección de pieles de aves exóticas de 1907 Rahmer, herbarios provenientes de isla Juan Fernández y Pascua de Skottsberg llegada en 1917, y la más importante del taxidermista Sr. Carpeneto, formada entre los años 1940 a 1960, que proporcionó gran cantidad de piezas para el museo, en especial animales embalsamados.
Hoy, pasado más de 100 años de consolidación todas estas colecciones más otras que se han formado por donación de particulares a través del tiempo, conforman la base del Museo de Historia Natural de Valparaíso posiblemente con más de 47.000 piezas desde invertebrados a vertebrados mayores; como de materiales líticos a piezas antropológicas.