El Museo de Historia Natural de Valparaíso fue creado en 1878, por Eduardo de la Barra, importante educador Rector en aquella época del Liceo N°1 de Hombres de Valparaíso, quien crea con sus alumnos un museo, en dos salas del Liceo de Hombres de Valparaíso, siendo el segundo más antiguo de Chile y el primero, regional. Ya en el año 1879, contaba con una biblioteca científica de 300 volúmenes de obras clásicas, de ciencias naturales y antropología y una interesante colección de especies de flora y fauna colectadas o donadas por la sociedad porteña. Historia que se ve plasmada en nuestra publicación de acceso libre y gratuito:  "Museos de Valparaíso... sus inicios"

El violento terremoto que azotó a Valparaíso en 1906 y el incendio posterior que destruyó al liceo, afectó irreparablemente a las valiosas colecciones que el museo había logrado acumular, viviendo un período de reconstrucción, donde destaca la figura de John Juger Silver, uno de sus primeros directores del MHNV y su más entusiasta impulsor, su vínculo se remonta al año 1904 cuando comenzó su trabajo como jefe de botánica, alcanzando la dirección del museo el año 1910.

Fundamental resulta su legado siendo el responsable de reconstruir el museo y sus colecciones,, tras un arduo trabajo y gestión, John Juger, consigue el arriendo de una nueva sede del museo en el sector de Playa Ancha de Valparaíso, logrando la re apertura del museo el año 1914. Durante su gestión se organizan las nuevas colecciones; el desarrollo de áreas especializadas de trabajo e investigación, como es el caso de la biblioteca científica o el desarrollo del laboratorio de taxidermia, a cargo de otro personaje histórico, José Carpeneto.

Por carecer de un edificio propio, el museo debe cambiarse periódicamente de sede, ocupando locales en la avenida Gran Bretaña y la ex-Feria del Mar, en Playa Ancha; una pequeña casona en Viña del Mar y finalmente, el 15 de noviembre de 1988, gracias a un Comodato acordado entre la Dirección de Bibliotecas, Archivos y Museos (Dibam), y la Ilustre Municipalidad de Valparaíso, el museo se reinaugura en el Palacio Lyon, obra del arquitecto y constructor Carlos Von Moltke, lo cual junto con permitir su retorno a su ciudad de origen, pone en valor este hermoso edificio declarado Monumento Nacional en 1979.

Posteriormente, en las primeras décadas del s. XXI, gracias al Plan Nacional de Mejoramiento Integral de Museos, el MHNV fue completamente renovado el año 2014, así como otros 17 museos en ocho regiones del país, logrando una nueva dinámica en la gestión museal, sistema coordinado por la Subdirección Nacional de Museos, involucrando la renovación de infraestructura, equipamiento y disiños museográficos en exhibiciones permanentes. Conjuntamente, desde marzo de 2015 se aplica la grtuidad de acceso a los museos del estado, medida que abarca a 27 recintos en 13 regiones del país dependientes de la Dirección de Bibliotecas, Archivos Museo DIBAM.

La nueva exhibición permanente del MHNH, inaugurada en noviembre del 2014 "Biodiversidad en la región central" presenta al público, una renovación museografíca, con nuevas ambientaciones y diseños dinámicos que invitan a la interactividad del público con los distintos ecosistemas que conforman el paisaje natural del Chile central; de forma lúdica, educativa y dinámica, dando cuenta del patrimonio, la historia y la naturaleza presente en la región de Valparaíso desde el océano hasta la cordillera, en un viaje transversal y una nueva experiencia de visita;.

Muestra conformada por más de 700 objetos, que incluyen piezas húmedas, taxidermizadas, plastinadas y réplicas, las cuales han sido obtenidas de diversas Colecciones, producto de donaciones históricas; destacando a las áreaa de biología, arqueología y patrimonio histórico. El trabajo de la institución se rige por los convenios internacionales sobre protección y manejo de biodiversidad a los que el Estado de Chile suscribe, asegurando así la adecuada protección de nuestra flora y fauna.