El río Aconcagua presenta desde su nacimiento a su desembocadura un variado tipo de ambientes, desde su origen, en el tramo alto, sus aguas frías, limpias y oxigenadas, con una vegetación alto andina de arbustos bajos, plantas en forma de cojín y hierbas es el hogar de pumas, cóndores, jotes, vizcachas, llamas y guanacos. En el tramo medio el caudal del río se hace más ancho y tranquilo, ideal para las algas y plantas acuáticas, acá se produce gran parte de los nutrientes que luego serán arrastrados río abajo y se convertirán en alimento para otras especies. En invierno, cuando el río sube de caudal, los terrenos se inundan y el agua cargada de nutrientes fertiliza el suelo convirtiéndolo tierra cultivable. En el tramo bajo, el rio se convierte en humedal, este espacio entre el final del río y la desembocadura al mar es un ambiente de aguas calmas y poco profundas, un sector rico en biodiversidad donde muchas aves migratorias llegan cada año a anidar.
El río es un sistema continuo, todo lo que ocurre en su nacimiento se refleja en la desembocadura, la conservación de la biodiversidad acuática está sujeta a la conservación de los componentes hidrológicos, ecológicos, biológicos, ambientales y socioeconómicos. Las principales amenazas están representadas por la destrucción y fragmentación del hábitat, la introducción de especies exóticas y actividades humanas, como la desforestación y contaminación.
