La revista Anales del Museo de Historia Natural de Valparaíso, comenzó a publicarse en el año 1968 y continuó su publicación, ininterrumpidamente hasta el año 2010. Desde año 2014 a la fecha se ha vuelto a editar, continuando con la temática de las Ciencias Naturales, Arqueología, Historia, Antropología y otras disciplinas del conocimiento, permitiendo un valioso intercambio con entidades nacionales e internacionales y un reconocimiento científico en el área.

Actualmente se encuentra actualizada, según norma ISO 3297, en su código de identificación único ISSN, y en Latindex, sistema de información sobre revistas de investigación científica, técnico-profesionales y de divulgación científica y cultural que se editan en los países de América latina, el Caribe, España y Portugal. Este reconocimiento le ha dado un prestigio internacional, que hasta el día de hoy le ha permitido gestionar el intercambio con 128 entidades de distintos países.

El volumen n°27 del año 2014, contó con un comité editorial, encargado de la revisión de los artículos enviados, compuesto por personal del Museo y científicos. La temática de se consentró en el concepto de "HUMEDAL", considerando las áreas de Zoología, Ecología, Ciencias Ambientales, Antropología, Arqueología y Botánica.

Durante este año nos encontramos en proceso de recepción de artículos para la publicación del volumen n°28 del 2015, continuando así, con la difusión científica de nuestro país y el extranjero.